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长读段测序数据揭示了更大的水稻泛基因组
报告开始：5月13日 09:20:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：10min
所在会议：[E] 墙板报告 [E-1] 张贴墙板报告
摘要
整合3000多份水稻基因组二代短序列测序数据构建的水稻泛基因组比水稻参考基因组（日本晴）大近270Mb。我们针对三代测序的长读段，通过创建新的比对方法、去冗余算法等，创建了新的泛基因组构建方法；基于111个水稻品种的长读段测序数据构构建了水稻泛基因组；发现相比参考基因组，栽培稻泛基因组包含超过600Mb的新序列，而包括野生稻的水稻泛基因组则有879Mb的新序列，对应超过1.9万个基因，新序列大小超过基于二代测序数据构建的水稻泛基因组新序列近两倍。
报告人
韦朝春
教授 上海交通大学韦朝春博士，上海交大生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系教授/博导。北京大学数学本科、美国圣路易斯华盛顿大学计算机科学博士。浦江人才、教育部新世纪优秀人才。研究方向为基因组学，包括功能因子识别及其演化分析、泛基因组学、肿瘤基因组学和宏基因组学等。在Nature、Genome Research、Genome Biology、Nature Communications等期刊发表论文50多篇，被引超过5000次，部分结果入选“2019年度中国生物信息学十大算法和工具”。获校优秀教师奖、教书育人奖、校长奖。