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高质量多约束细胞模型构建和分析
报告开始：5月13日 09:40:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：10min
所在会议：[E] 墙板报告 [E-1] 张贴墙板报告
摘要
基因组尺度代谢模型（GEM）是合理设计底盘菌株和生化合成途径的重要手段，可以避免传统方法在确定修饰目标方面的局限性和主观性。引入更多层次的约束可以使GEM的预测结果更接近于细胞的真实代谢状态，为菌株设计提供多维指导。本报告将详细介绍本人在多约束模型构建和分析方法取得的一些进展，包括蛋白资源约束模型的构建框架ECMpy，酶热约束模型构建框架ETGEMs，以及如何利用多约束模型进行代谢工程改造指导。
报告人
毛志涛
助理研究员 中国科学院天津工业生物技术研究所研究方向主要围绕构建高精度模拟底盘细胞重要生理过程的数据模型和开发指导细胞设计的网站工具展开工作。先后完成了大肠杆菌、谷氨酸棒杆菌和枯草芽孢杆菌的蛋白资源约束模型的构建和分析，并构建了首个集成化学计量约束、蛋白资源约束和热力学约束的大肠杆菌多约束模型。此外，开发了基于多约束模型的多个细胞设计模块，可实现瓶颈反应、限制性代谢物和关键酶的挖掘，并构建了首个基于图数据库的大肠杆菌代谢调控知识图谱云平台，可用于挖掘新的调控元件、复杂的调控模式和潜在的改造靶点。