Copyright © 第九届全国计算生物与生物信息学大会
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SE-Aligner: A Mapping Algorithm For NGS Reads Based on Specified
报告开始：5月13日 14:40:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：10min
所在会议：[E] 墙板报告 [E-1] 张贴墙板报告
摘要
在过去的几十年里，已经为下游应用开发了用于第二代和第三代测序的序列映射工具。基于后缀数组或BWT变换索引的映射工具是最广泛使用的方法，可以提高速度和减少内存消耗。然而，SNP或测序错误和其他因素对基于后缀阵列的映射算法的灵敏度和性能提出了巨大挑战。本文在BWA-MEM索引结构的基础上，提出了一种新的映射算法——敏感高效对齐器（SE Aligner）。我们的实验表明，与Bowtie2、Hisat2和没有SIMD加速的BWA-MEM2相比，SE Aligner在映射不同数据尺度的真实数据集时以更少的时间获得了更高的灵敏度映射结果，并为单个序列找到了更多的映射位点。