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可视化详细叶绿体基因组结构的软件包CPGView的开发与应用
口头报告
报告开始：5月13日 17:45:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：15min
所在会议：[S2] 分会场二 [S2-1] 基因组学、表观基因组学和微生物组学
摘要
叶绿体基因组在植物系统发育和进化研究中得到了广泛应用。已经开发出多种叶绿体基因组可视化工具，用于展示基因在基因组上的分布。然而，这些工具并未绘制外显子、内含子、重复元素和变异位点等特征，导致无法深入研究基因组结构。因此，我们开发并验证了一个名为叶绿体基因组查看器（CPGView）的软件包。CPGView能够绘制三种地图，分别显示：（i）基因、变异位点和重复序列（包括微卫星、串联和分散重复）的分布；（ii）通过坐标缩放算法调整外显子-内含子边界位置后的顺式剪接基因结构；（iii）反式剪接基因rps12的结构。
报告人
倪阳
博士研究生 药用植物研究所倪阳，男，1997年4月3日出生，汉族，安徽籍，现攻读北京协和医学院生药学博士学位。主要研究方向为植物结构基因组学。参与千种药用植物基因组计划（1KMPG），中国药用植物叶绿体基因组图谱等项目。在国际学术期刊上发表多篇论文，其中以第一作者或通讯作者身份发表的文章包括《Molecular Ecology Resources》、《BMC Plant Biology》、《BMC Genomics》、《Plant Cell Reports》、《Planta》等。参与编写多部科研著作，如《The genome of Ganoderma lucidum》，《中国药用植物叶绿体基因组图谱》系列以及《世界法定药用植物名录》等。