靶标与配体间的相互作用与识别对细胞中的分子生物学机理研究，计算机辅助药物设计和复合物结构预测都具有重要的意义。与配体相互作用的靶标主要包括蛋白质和核酸等不同种类，课题组针对不同的靶标和配体的相互作用分别开发了相应的算法，多次以这些算法参加由美国与欧洲生物信息中心发起的国际生物大分子相互作用预测竞赛（CASP-CAPRI）。在CASP13-CAPRI比赛中，获得困难类型靶标（Hard）排名第1；在2020年举办的CASP14-CAPRI比赛中，取得了predictor组第3、score组并列第1的好成绩；在2022年举办的CASP15比赛中，获得了Ligand赛道冠军。最后，进一步介绍了课题组针对不同靶标开展的药物筛选等应用研究。课题组后续将进一步探索新的靶标-配体相互作用研究方法，揭示靶标与配体的相互作用和识别机理。