[特邀报告]全基因组解析snRNA转录调控特征

全基因组解析snRNA转录调控特征
特邀报告

报告开始:5月13日 15:20:00 (Asia/Shanghai)

报告时间:20min

所在会议:[S4] 分会场四 [S4-1] 基因表达调控与大分子修饰

摘要
RNA processing requires the removal of introns from pre-mRNAs, a crucial step carried out by the spliceosome. Small nuclear RNAs (snRNAs) are essential components of the spliceosome and are encoded by large, multi-copy gene families. Variants of snRNAs generated by these gene families can influence alternative splicing and determine tissue-specific splicing programs. However, identifying and assessing their expression levels on a genome-wide scale has been challenging due to the high similarity of snRNA sequences. To overcome this challenge, we conducted a study using RAMPAGE (Rapid Amplification of cDNA Ends) data to comprehensively profile the nascent transcription of spliceosomal snRNAs. We identified 79 snRNA variants expressed in 115 human biosamples with unique promoter architecture, bidirectional transcription, and nucleosome positioning. Knockdown of the ATF/CREB family transcription factors would attenuate their transcription. Notably, nascent snRNA variant transcripts exhibited a distinct landscape compared to their mature transcripts. Our findings shed light on the transcriptional properties of snRNA variants and their potential role in regulating tissue-specific splicing.
报告人
张晓鸥
教授 同济大学

张晓鸥博士,国家级海外高层次人才项目获得者,同济大学生命科学与技术学院教授,博士生导师。 张晓鸥博士2016年毕业于中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所(中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所),师从杨力研究员,获计算生物学理学博士学位,博士期间主要从事特殊结构长非编码RNA生成加工机制的研究。2016年至2020年在美国麻省大学医学院从事博士后研究,师从翁志萍教授,主要方向为转座子介导的基因表达调控机制研究。2020年12月加入同济大学生命科学与技术学院,入选海外高层次人才引进计划青年项目,受聘同济大学“青年百人计划”A岗教授。 张晓鸥博士长期从事针对非编码RNA的计算生物学交叉研究,主要通过整合多组学高通量数据,开发新型计算分析算法,探究转座子等重复序列在基因表达调控中的作用,解析非编码RNA生成加工机制及其生物学功能,以期拓展人们对于基因表达在转录/转录后水平调控复杂性和多样性的认识,进一步推动非编码序列在人类健康及疾病治疗方面的研究。迄今为止共发表SCI研究论文31篇(H-index: 22),其中在Cell、Mol Cell、Genome Res等学术期刊发表第一作者研究论文8篇,并被Cell、Nature、Nat Rev Genet等多次专评。曾获吴瑞奖学金、中国科学院院长特别奖、中国科学院优秀博士论文奖、中国科学院大学-必和必拓奖学金,以及邹承鲁杰出研究论文奖等多项殊荣。