Copyright © 第九届全国计算生物与生物信息学大会
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基于纳米孔RNA直接测序和迁移深度学习的多种RNA修饰类型鉴定
口头报告
报告开始：5月13日 17:00:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：15min
所在会议：[S4] 分会场四 [S4-1] 基因表达调控与大分子修饰
摘要
RNA修饰在真核生物中发挥着重要作用。在生物体内同时鉴定多类型的RNA修饰仍是一个挑战。我们使用纳米孔直接RNA测序，以植物cDNA文库为模板构建了体外表观转录组（IVET），产生了数千个分别用m6A，m1A和m5C标记的转录本。通过对这些 IVET 数据进行训练，我们开发了一个深度学习框架TandemMod，能够以高于90%的准确率识别 m6A 和 m5C 修饰。TandemMod在人类细胞中检测到的m6A修饰位点富含DRACH基序，在METTL3敲除细胞系中显着降低。最后，我们绘制了水稻的表观转录组。
报告人
余祥
副教授 上海交通大学上海交通大学生命科学技术学院长聘教轨副教授，上海市浦江人才，博士生导师，课题组组长。课题组研究方向集中在通过分子生物学和组学技术研究植物RNA生物学，包括RNA化学修饰和RNA代谢。在Developmental Cell、 Plant Cell、Genome Research、Cell和Nature Genetics等期刊发表著作40余篇。